구강을 통해 내시경을 삽입하여 식도, 위, 십이지장 점막을 관찰하고
염증, 궤양, 용종, 암 등 질환을 진단하는 검사법으로 5-10분 소요.

검사 중 이상 소견이 발견되면 정확한 진단을 위해 조직검사 또는 헬리코박터 파일로리 검사를 하거나 필요 시 색소를 뿌려 관찰하는 색소내시경을 시행할 수 있음.
이 밖에 이물질 제거, 지혈 등 치료를 목적으로 내시경 시행할 수 있음.
위암이 많은 한국에서는 증상이 없더라도 위암의 조기 발견을 위해 정기적인 위내시경 검사를 시행하는 것이 좋음. 조기 위암의 경우 대부분 무증상이나 진행성 위암이 된 후에야 증상이 나타나는 경우가 많다. 특히, 위암 가족력이 있거나 위점막 이형성, 헬리코박터 파일로리감염 등이 있는 고위험군은 매년 검사 권유함.

조기위암으로 의심되는 병변의 조직검사 및 색소내시경 모습
연하장애
가슴통증
상복부통증
작열감
토혈
체중감소
오심/구토
식욕부진
항문을 통해 내시경을 삽입하여 대장에 생기는 여러 질환들을 진단하는 검사법으로
조직검사나 용종절제술, 치료(이물 제거, 지혈)내시경을 하지 않으면 일반적으로 30분정도 소요됨.

대장 전체 길이가 약 1.5m로 구불구불한 장기 구조로 되어있어 검사도중 통증이나 복부 불편감이 발생할 수 있음.
공기를 주입하여 관찰하게 되므로 검사 중 혹은 검사 후 복부 팽만감이나 불쾌감이 하루 정도 지속될 수 있음.
대장 용종
대장암
궤양성 대장염
크론병
대장암 선별 검사를 위해(특히 50세 이상)
대변에 피가 섞여 나오는 경우
지속적인 복통, 배변습관의 변화(변비, 설사)
염증성 장염이 의심되는 경우(혈변, 복통, 발열)
원인이 불분명한 빈혈이 있을 경우
체중 감소와 함께 소화기 증상이 있을 경우
바륨 조영술 검사에서 이상 소견이 있을 경우
용종(폴립)과 대장암의 진단 및 치료를 위함
용종(폴립)과 대장암의 치료후 추적검사 위함
궤양성 대장염 환자의 추적 검사로 가족력인 대장암 환자가 있는 경우

내시경 끝에 소형 초음파 장치를 장착하여 소화관 내면을 관찰하고, 소화관 벽 안쪽 및 주위 조직까지 관찰할 수 있는 검사법으로 일반적으로 30분정도 소요.
관찰하고자 하는 병변의 장기(식도, 위, 십이지장, 대장)에 다량의 물을 위장관에 채우고, 육안적 관찰과 초음파 검사를 동시에 시행함.
일반 내시경 기기보다 굵어서 환자가 느끼는 불편감이 더 크기 때문에 의식하 진정 내시경으로 검사 하도록 권유함.
위장관 점막하 종양의 정확한 크기, 내부 구조, 발생 부위 및 종류, 벽외 압박과의 감별
식도암, 조기위암, 진행성 위암 및 대장암의 경우 침범 깊이, 임파선 전이 여부 등 병기를 결정
담낭의 공간 점유성 병변(담낭 담석, 용종, 담낭암 등)의 감별진단, 병기 결정, 치료 결정 및 담관 질환(담관 담석, 종양 등), 췌장질환의 감별
조기위암, 위선종에서 내시경적 절제술을 위한 사전 검사

내시경 및 방사선 조영기를 이용하여 담관 및 췌관을 관찰하고 담석이나 췌담관 종양 등을 진단하는 시술로 검사 소요시간은 짧게는 30분, 길게는 2시간 소요.
총담관 담석의 치료
담관의 양성 폐쇄로 인한 황달의 치료
담관 양성 협착의 치료
담관 누출의 진단 및 치료
췌관 결석의 제거
췌관 협착의 치료
유두부 선종의 절제
담석으로 인한 췌장염의 치료
담관암 또는 췌장암으로 인한 황달의 치료
헬리코박터
위 점막에 서식하는 세균으로 감염경로가 명확하게 밝혀져 있지는 않으나 대변, 타액, 구토물 등을 통해 사람에서 사람으로 전염되는 것으로 알려져 있음.
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